O IESAM, para efeitos de sua administração, compreende órgãos deliberativos e normativos, órgãos executivos e órgãos suplementares.

A Administração Superior é o órgão máximo do IESAM, sendo composto pelos:
I - Conselho de Ensino, Pesquisa e Extensão - CONSEPE;
II - Colegiados de Curso.

São órgãos executivos da Administração Superior do IESAM:
I - Direção Geral;
II - Diretoria Acadêmica da Graduação;
III - Diretoria de Pesquisa, Pós-graduação e Extensão;
IV - Diretoria Administrativa.

São órgãos executivos da Administração Setorial do IESAM:
I - Coordenadorias de Curso;
II - Coordenadoria de Pesquisa e Pós-graduação;
III - Coordenadoria de Extensão e Assuntos Comunitários.

São órgãos suplementares do IESAM:
I - Secretaria Geral e Acadêmica;
II - Biblioteca;
III - Comissão Própria de Avaliação;
IV - Comissão Permanente de Processos Seletivos;
V - Secretaria das Coordenações