O IESAM concentra suas pesquisas na grande área multidisciplinar. Estas atividades se encontram em desenvolvimento através das linhas de atuação científico/tecnológicas que compõem o programa de Pesquisa Institucional.

O IESAM desenvolve projetos de pesquisa nas seguintes linhas de atuação científica e tecnológica:

1) Linha de Atuação Científica/Tecnológica em Geoecologia, Ecologia da Paisagem, Meio Ambiente e Desenvolvimento;

2) Linha de Atuação Científica/Tecnológica de Modelagem Computacional em Ciências do Ambiente e Engenharia;

3) Linha de Atuação Científica/Tecnológica em Análise Sócio-Econômica Espacial.